Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка IDH_ECOLI.

Матрица попарного сходства последовательностей выборки ортологов

Матрица попарного сходства была построена с помощью программы GeneDoc на основе множественного выравнивания 10 ортологов белка IDH_ECOLI. Поиск белков для выборки был проведён по всем базам данных с использованием программы BLASTp. Выбранные ортологи имеют Identity с белком IDH_ECOLI в пределах от 50% до 75%.

            IDH_BACSU  IDH_STAEP  IDH_STRMU  IDH_STRSL  IDH_ANASP  IDH_SYNY3  IDH_ARCFU  IDH_CALNO  IDH_AQUAE  IDH_THET8 

 IDH_BACSU        100%                                                                                                   

 IDH_STAEP         78%       100%                                                                                        

 IDH_STRMU         56%        55%       100%                                                                             

 IDH_STRSL         57%        56%        72%       100%                                                                  

 IDH_ANASP         48%        45%        42%        42%       100%                                                       

 IDH_SYNY3         46%        45%        42%        40%        80%       100%                                            

 IDH_ARCFU         52%        51%        48%        45%        47%        46%       100%                                 

 IDH_CALNO         44%        44%        40%        36%        40%        39%        55%       100%                      

 IDH_AQUAE         39%        41%        38%        42%        32%        32%        40%        37%       100%           

 IDH_THET8         16%        15%        14%        14%        16%        14%        16%        15%        15%       100%

Множественное выравнивание последовательностей выборки ортологов

Множественное выравнивание создано с помощью программы emma из пакета EMBOSS. Малиновым цветом выделены позиции, консервативные на 100%, а синим цветом — консервативные не менее, чем на 80%.

Изображение 3D-структуры белка IDH_ECOLI с отмеченными консервативными остатками

Изображение создано с помощью программы RasMol. Белок показан в остовной модели, а лиганд ISOCITRATE в шариковой модели и окрашен желтым цветом. Остатки в зоне контакта представлены в виде шарнирных моделей. Консервативные остатки выделены зеленым цветом ,а неконсервативные аминокислоты серым. Все аминокислотные остатки располагаются на расстоянии 5,0 Å.
Cреди 11 аминокислот, взаимодействующих с лигандом только три из них не является консервативными (консервативные считаем от 80% и выше). Исходя из данной выборки участак связывания с лигандом достаточно консервативен (три аминокислоты можем не брать в расчет, т.к. они занимают конечное положение в белке и не влияют на взаимодействие с лигандом.)

На главную страницу второго семестра